1.海西区域创新体系建设及政策保障研究
主要研究内容：以落实温家宝总理视察福建时提出的“打造海西一流的区域创新体系为目标”，在全面分析海西区域创新体系现状和趋势的基础上，分析创建一流区域创新体系构成要素和特色优势，研究提出“十二五”时期建设海西一流区域创新体系的战略思路、战略目标、重点任务和保障措施等。
2.福建省“十二五”科技创新平台和研发高地建设重点研究
主要研究内容：围绕提升海峡西岸自主创新能力需要，研究我省科技创新平台和研发高地建设的基础、优势和特色以及宏观布局；提出加快建设一批具有国内一流水平、部分达到国际先进水平的重点实验室、工程技术研究中心和重点学科的方向、任务和对象；围绕加快科技创新平台建设和平台规范管理，研究促进科技资源共享和综合利用的对策。
3.海峡西岸经济区国家级高新技术产业带规划研究
主要研究内容：在全面分析海峡西岸经济区高新技术产业发展现状的基础上，阐述产业带建设的重要性和必要性，研究提出产业带建设的发展目标、发展布局、主要任务和政策措施。
4.优化科技经费投入配置和管理模式研究
主要研究内容：主要研究科技进步与科技投入的内在关系，深入分析研究福建省近年来科技经费的投入增长速度、来源结构、投入强度等问题；学习借鉴其他省市先进做法，综合提出加大科技经费投入的新机制、新方式；围绕提高科技经费使用效益，研究优化科技经费投入配置和管理的体制机制，提出科学合理的科技经费配置及监督管理机制的政策建议。
5.我省社会科技发展中若干重大领域技术路线图的研究制定
主要研究内容：根据我省社会事业科技发展现状和发展要求，研究制定创新药物研发、重点流域、区域污染综合治理技术研究、食品安全技术研究等技术路线图。
6.基础研究与创新人才发展规划重点问题研究
主要研究内容：总结分析我省基础科学发展研究的作用、地位、现状和存在问题，研究福建省基础科学发展的战略思路，提出中长期发展规划和近期基础科学发展的任务、途径与政策措施的框架；研究福建省基础科学领域人才分布、创新平台、创新团队现状，提出符合科学发展观的人才队伍建设、创新团队建设的思路与建议。
7.现代农业发展重点科技问题研究
主要研究内容：根据经济社会的发展需求，开展“十二五”我省现代农业以及海洋科技等领域的规划战略研究，明确指导思想、战略目标、发展路径和重点任务以及政策保障措施；确定重点培育的农业高科技产业，使用技术路线图的方法，提出一批重点发展的产品和关键共性技术。
8.海西新农村建设科技问题研究
主要研究内容：分析我省新农村建设的科技成果推广、科技创新与服务、科技需求现状，从科技推广模式和机制、科技创新能力、引领支撑和服务农村发展的能力方面深入研究新农村建设中的重大科技问题，提出“十二五”期间新农村建设中科技发展的总体思路、重点方向、重大领域和政策措施。
９.闽台科技产业合作基地建设研究
主要研究目标：在论述分析当前闽台两地科技产业发展的基础上，以闽台科技产业对接为目标，按照“海西先行，科技先行”的要求，提出建设闽台科技产业合作基地的思路目标、重点任务和政策措施以及实施方案。
